Les trajets en train sont plus chers que les trajets en bus mais durent en général moins longtemps et le confort y est supérieur. Les prix varient également en fonction des trains (EuroCity, SuperCity ou Regular Express).

Le site Internet Idos (disponible en anglais) vous permet de connaître les horaires et tarifs pour tous les trajets en train et bus en République Tchèque et vers les pays européens.

Pour les voyageurs qui souhaitent utiliser le train à plusieurs reprises, le pass Interrail peut s'avérer avantageux. Si vous êtes citoyen d'un pays hors Union Européenne, vous pouvez bénéficier du pass Eurorail.